在农产品中的微生物主要有真菌、细菌、病毒等，有微生物的情况会对于农产品储存和使用，有很大程度上的影响，特别是微生物在繁殖的时候，会产生一定数量的毒素，这样会对于人们的食品安全造成严重影响。从这个角度来说，对于农产品在食用或者加工之前就需要严格的微生物检测，以从根本上确保食品质量的安全。微生物检测技术主要包括：紫外光显微镜计算级数、自动旋转平板计数技术等。对微生物展开更加快速的检测技术有：放射测量、微量量热等。
农药残留指的是在农业生产中施用农药后-部分农药直接或间接残存于谷物、蔬菜、果品、畜产品、水产品中以及土壤和水体中的现象，农药残毒就是残留在食品中的农药毒性。如果未按照国家安全使用规定施用农药和进行农产品采收，或违反国家规定使用高毒农药，农产品就会有农药残毒，就会对食用者身体健康造成危害，严重时会造成身体不适、呕吐、腹泻甚至导致死亡的严重后果。根据国家标准GB/T5009.199.2003《蔬菜中有机磷和氨基甲酸酯类农药残留量的快速检测》酶抑制法规定，将抑制率大于50%定义为农药含量超标。
农产品的质量安全直接决定了我国民众的食品安全，对于人们的生活质量会造成严重影响。鉴于此，要对农产品质量安全检验检测工作中存在的问题进行研究分析，找出解决措施，以有效促进现代农业的发展。
